Depuis 2018, la 3CAG exerce la compétence GEMAPI (GEstion des Milieux Aquatiques et la Prévention des Inondations) sur son territoire. Elle s’appuie sur les compétences de syndicats de rivières existants auxquels elle adhère et contribue annuellement :
Le SYGRAL (SYndicat mixte de Gestion des Rivières Astarac Lomagne)
Le SGSA (Syndicat de Gestion de la Save et de ses Affluents)
